Secondo una leggenda, molto amata nel XVI secolo, il nome di Staffolo sarebbe legato alla produzione del vino, che da sempre distingue questo paese, facendolo derivare dal vocabolo greco staphilé, grappolo d'uva.
Un'altra ipotesi, anch'essa però poco probabile, fa risalire il nome di Staffolo alla conformazione topografica del centro murato che tuttora conserva la vaga forma di una staffa da cavalcatura; l'ipotesi scaturisce dallo stemma comunale che, già nel 1250, riportava al centro il simbolo della staffa: bandeira rubra cum staffa alba.
L'ipotesi più credibile sull'origine del nome è invece quella che fa risalire il toponimo alla dominazione longobarda (569-774 d.C.). In quel periodo Staffolo era infatti un luogo fortificato sulla linea di confine fra il Ducato di Spoleto (a cui apparteneva) e la pentapoli annonaria bizantina. Il nome di Staffolo potrebbe derivare allora dal termine staffal, con il quale i Longobardi denominavano il "palo" di confine o cippo. Per estensione però staffal designava pure un incrocio di strade e non è escluso che sia proprio da questo secondo significato che derivi il nome.
Un indizio a supporto di questa tesi potrebbe essere la presenza della chiesa parrocchiale dedicata a S. Egidio, patrono del paese. Le chiese dedicate al Santo, veneratissimo nel medioevo in tutta Europa, venivano generalmente costruite nei pressi di incroci stradali, dove oltretutto si tenevano importanti fiere; i viandanti potevano così visitare le chiese mentre i loro cavalli veniveno ferrati dai fabbri nelle vicinanze, anch'essi sotto la protezione di Sant'Egidio.
La chiesa di San Francesco (sec. XIII e XVII) - Situata all'interno della cinta muraria, la costruzione apparteneva ad un convento dei francescani sorto nella seconda metà del XIII secolo. Tale ascendenza è visibile nel portale su scalinata e nella struttura del plesso conventuale, il cui chiostro è ora parzialmente inglobato nella sala Cotini. Da notare l'originale campanile ottagonale, con richiami di stile bizantino, poggiante direttamente sulla scarpata delle mura. L'interno, ad unica navata, fu ristrutturato in epoca barocca, con rimaneggiamenti tali da stravolgere l'originaria costruzione probabilmente a granaio con copertura a capriate.
L'attuale struttura presenta un arco trionfale a pieno centro e la cupola a catino.
Di pregio le opere contenute: l'Eterno Padre e quattro Santi di Maffeo Verona (1576-1618), Madonna e Santi di Filippo Bellini (1530 c.-1603), altre tele barocche, in una delle quali è una raffigurazione di Staffolo del sec. XVI-XVII, arredi e volumi sacri dei secoli XVI-XVIII. È recente il restauro del prezioso organo opera del celebre organaro veneto Gaetano Callido; autore di strumenti di gran pregio, diffusi non solo in Italia e in Dalmazia ma anche ad Alessandria d'Egitto e Costantinopoli, realizzò l'organo di Staffolo per i padri conventuali nel 1769 e figura nel catalogo originale degli organi Callido. Attualmente la chiesa fa parte del circuito concertistico della rassegna organistica marchigiana.