La prima notizia storica di Agugliano risale ad una bolla del Papa Alessandro II del 1062, dove si cita la Ecclesia S. Mariae de Auguliano. Per la sua fedeltà ad Ancona, Agugliano fu spesso distrutta dalle quelle milizie che non riuscendo ad entrare ad Ancona se la prendevano con i piccoli comuni del suo circondario.
Il castello ed i resti dell'antico borgo sono comunque una valida testimonianza della sua antichità e ricordano alla città il periodo in cui fu Castrum Agulliani, nel 1356, sendo quanto è elencato nella Descriptio Marchiae del Cardinale Albornoz.
Il castello nel tempo ha subito comunque diversi rimaneggiamenti tanto che la parte più antica è stata distrutta o modificata in maniera irreversibile.
L’antico perimetro murario è comunque ancora identificabile grazie anche all’aiuto di una mappa ottocentesca che mostra un circuito ad andamento irregolarmente poligonale.
Agugliano fu comune libero con propri Statuti che risalgono al 1390 e che furono promungati come "Statuti della città di Agugliano" il 17 agosto del 1564 da San Carlo Borromeo, all'epoca governatore di Ancona.
La città comincia così la sua espansione al di fuori del castello, verso la zona agricola.
Successivamente la sua storia si confonde con quella dello Stato Pontificio.
Nelle cronache del XVII secolo sono riportate le notizie della peste che infierì nel 1630 ed dei terremoti degli anni 1672 e 1690.
Partcolarmente tragici saranno anche gli anni della prima metà del secolo successivo per il continuo passaggio di soldati stranieri. Infatti, senza alcun riguardo alla neutralità di Agugliano nei confronti del pontefice, austriaci e spagnoli attraversavano le terre del comune e le facevano diventare il loro teatro di battaglia (erano guerre per le successioni).
Il comune di Agugliano comprende anche le frazioni di Castel D’Emilio, Borgo Ruffini, la Chiusa e il Molino.